ภายหลังจากการตรวจสอบทางวิ่งขึ้นลงของท่าอากาศยานนานาชาติ Ninoy Aquino International Airport (NAIA) โดยการท่าอากาศยานนานาชาติมะนิลา (MIAA) และกรมการบินพลเรือนประเทศฟิลิปปินส์ (CAAP) ได้ประกาศเปิดการปฏิบัติการเที่ยวบินขาออกบางส่วนตั้งแต่เวลา 10.00 น. และเที่ยวบินขาเข้าตั้งแต่เวลา 12.00 น. ของวันที่ 13 มกราคมที่ผ่านมา โดยพิจารณาตามความสามารถในการให้บริการผู้โดยสารของอาคารผู้โดยสารทั้งสี่แห่งและความยินยอมของสายการบิน

จากเหตุการณ์ภัยพิบัติที่เกิดขึ้น ส่งผลให้ช่วงห่างระหว่างเที่ยวบินมีระยะเวลานานขึ้น เพื่อให้ MIAA และ CAAP เตรียมพร้อมทางวิ่งและอาคารผู้โดยสารได้ดีขึ้น

อนึ่ง เที่ยวบินขาออกจะเปิดให้บริการเป็นลำดับแรก เพื่อระบายเครื่องบินที่ตกค้างตั้งแต่คืนวันที่ 12 มกราคม หลังจากนั้นจึงเปิดทำการเที่ยวบินตามตารางปกติสำหรับวันที่ 13 มกราคม เพื่อให้ MIAA และ CAAP สามารถจัดการกำหนดวันและเวลาในการนำอากาศยานเข้าออกได้ดีขึ้น

ทั้งนี้ Mr. Arthur Tugade รัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม มีคำสั่งให้ MIAA และ CAAP หารือกับผู้ปฏิบัติการสายการบิน เพื่อจัดการให้เที่ยวบินที่ถูกยกเลิกสามารถทำการได้ตามปกติโดยเร็วที่สุด ในขณะที่ MIAA ได้ขอความร่วมมือผ่าน Airport Coordination Australia (ACA) ผู้จัดสรรตารางเวลาการบินอิสระของท่าอากาศยานฯ ให้ผู้ปฏิบัติการสายการบินรายงานเที่ยวบินที่ถูกยกเลิกอย่างเร็วที่สุด เพื่อให้คณะกรรมการจัดสรรเวลาบริหารตารางบินให้แก่สายการบินที่ต้องการปฏิบัติการเที่ยวบินที่ถูกยกเลิก

Mr. Jim Sydiongco อธิบดีกรมการบินพลเรือนประเทศฟิลิปปินส์ ได้แจ้งเตือนสายการบินให้พิจารณาถึงกลุ่มเมฆหมอกที่อาจเกิดจากการปะทุของภูเขาไฟ ตามการแจ้งเตือนของศูนย์เฝ้าระวังเถ้าธุลีภูเขาไฟ ประเทศญี่ปุ่น พร้อมกันนี้ Mr. Ed Monreal ผู้จัดการทั่วไป ท่าอากาศยานนานาชาติมะนิลา ได้แจ้งข้อมูลให้แก่ผู้ปฏิบัติการสายการบินว่า ลานจอดอากาศยานที่ NAIA ยังมีร่องรอยการปกคลุมของเถ้าภูเขาไฟอยู่ โดย MIAA ได้เริ่มทำความสะอาดทางวิ่งขึ้นลง ทางขับเชื่อมต่อสู่ทางวิ่ง และลานจอดอากาศยาน ตั้งแต่เวลา 04.00 น. ของวันที่ 13 มกราคม มาอย่างต่อเนื่อง